游戲開創性地設計了十余種結局，只要達成一定條件就能夠給世界帶來迥異的命運。豐富多彩的結局是時空之旅的特色之一，也成為玩家們體驗二周目的重要動力。最難見到的“史克威爾開發室”結局更是讓人體會到了制作背后的種種酸甜苦辣。
失敗結局
結局:Bad Ending
條件：挑戰拉沃斯失敗即可。
拉沃斯出現在了大地上，毀滅了世界。
BUT...THEFUTURE REFUSED TO CHANGE
（但是……未來拒絕改變）
結局1：時間的彼方
條件：復活克努羅之后，擊敗拉沃斯。
動畫：與游戲開始的場景類似，當千年祭的鐘聲響起來，一個士兵喊醒克羅諾，告訴克羅諾,他的緩刑已經被撤銷，然后在城堡見到國王與公主。但是國王把功勞都歸功于lucca，然后見到了各個時代的人，瑪爾的祖先，祖祖先，還有祖孫。之后大家一起參加千年紀最后一晚的月光巡游。
最后在大家在時空門關閉前回到自己的年代在告別之后，國王會更換廣場的鐘。后面有多種變化
結局1變化1：飄走
條件：通過帶翅膀的時之翼抵達拉沃斯內核
動畫：由于駕駛時之翼撞破拉沃斯外殼（推薦看看）且時空門關閉，主角再也無法進行時空旅行。克羅諾和瑪爾幫助國王替換鐘后，主角帶著瑪爾飛向夜晚的天空。
結局1變化2：跟著貓走
條件：使用時之翼之外的方式抵達拉沃斯內核
動畫：在時空門關閉前的一秒，克羅諾家的貓突然跑進了時空門，克羅諾的老媽也喊著貓貓被傳送走了。克羅諾馬上駕駛時之翼去追老貓，可以看到各時代生活的場景
其他還有不影響結局動畫的細節
◆如果贏得克羅諾人偶，便可以在廣場上看見
◆ 克羅諾見國王時，國王身邊的人是皮艾爾，如果在支線劇情救出了大臣，那么站著的便是大臣
◆如果在支線劇情救下拉拉，那么她就會站立起來
◆如果魔王成為同伴，他會在結尾時出現；如果沒有，青蛙會在自己時代中恢復人類外貌（告別時，瑪爾和lucca覺得青蛙真心的英俊,希望他留下來，這讓主角情何以堪）
◆貓的數量與家中數量一致
結局2：再會
條件：克羅諾死后復活前
動畫：除了克羅諾之外，所有的人被時之賢者救醒了之后說，他們必須盡快返回自己的年代，因為拉沃斯的力量被消滅，時空門馬上就要關閉。瑪爾想趁早救回克羅諾，但是青蛙，機器人，艾瑪想回自己的年代。他們逃離的速度太快，以至時之賢者沒機會告訴給他們時之卵.(如果你之前已經得到時之卵，時之卵會被丟掉)
瑪爾去月光巡游，并和lucca去時光機回憶之前的冒險旅程。lucca若有所思的說原以為時空門是源于拉沃斯的力量，現在她覺得這個想法錯了，或許有其他類似，但是好的偉大的存在給我們機會看看其他的時代（如果有時之翼的話，lucca說我們應該摧毀它）
突然，半空開了一個時空門，機器人，艾瑪，青蛙，時之賢者從里面掉了出來。這三人告訴她時之卵可以救回克羅諾，但時之賢者逃跑了，其他的人都追時之賢者去了，lucca與瑪爾乘坐時之翼，經歷各個時代后，瑪爾會去死山樹下等候，在太陽升起的時候，一個熟悉的背影慢慢在空中閃現，她朝著他跑過去
結局2變化1，
條件：使用時之翼抵達拉沃斯內核除了時之賢者外，
動畫：其他的人都來參加月光游行，原來lucca把傳輸機改造成了時光機，然后除了瑪爾之外，大家通過時光機去救克羅諾。瑪爾最后幫國外掛鐘的時候，會被氣球帶去死山。
結局3：夢之開發組
條件：去600前在右邊的傳輸機（游戲最開始單挑或者帶著瑪爾）或者海底神殿擊敗lavos
動畫：最難的成就，在時之界與所有開發人員對話，可以見到三大神（到鳥山明、掘井雄二和坂口博信三人。）
結局4：加爾迪亞的繼承者
條件：從600返回后，回城堡前，右邊的傳輸機擊敗拉沃斯
動畫：你會回到千年紀會場，瑪爾被人們異樣的目光盯著，每個人都認為瑪爾穿著某種奇異服裝，她回到城堡發現國王說她又偽裝成人類的樣子，原來城堡里所有的人都是半人半青蛙的生物，并且她也是，公主突然開始青蛙跳和青蛙叫。原來救出麗妃后，青蛙和琳娜公主結婚了，最后的場景是青蛙和麗妃在教堂舉行婚禮，可以看到青蛙的呱呱吻
結局5：休息
條件：抵達時之終點之后，回到600前
動畫：青蛙，白雞，努在搞笑。努想睡覺，青蛙一直騷擾它，。。。
結局6：傳說的勇者
條件：在得知傳說的勇者之后，從塔塔獲得勇者勛章之前。
動畫：這個結局使用2300重繪了游戲開始克努羅撞瑪爾的一幕。在未來機器人女友把機器人撞了，然后撿起機器人的項鏈，倆個人最后坐著山頭上看著遠方。
故事回到1700年前，塔塔一人去南方大陸，準備和魔王決斗，不知道通過什么手段最終抵達魔王殿深處的時候，塔塔高喊，決斗吧，魔王。卻發現王座上是克羅諾。瑪爾與lucca從王座背后走出來，并舉起了武器，克羅諾站著中間大笑起來。
結局7：不為人知的過去
條件：從塔塔獲得勇者勛章之后，史前聚會前。
動畫：展示了戰勝拉沃斯后，每個人回到各自時代后做的事
1000：離開時空門
史前：人和恐龍人的戰爭
600：魔王站在海角看大海，最后走向三魔將
600：召集軍隊與魔王決戰
23000：機器人跑
結局8：龍套演員
條件：拿回時空門鑰匙之后，青蛙加入前
動畫：按時間線展示人物
結局9：誓約
條件：青蛙回歸后,戰勝魔王前
動畫：勝利后眾人在露卡家休息，但青蛙沒有忘記自己的使命，他只身來到魔王城，打倒三大魔將后，與魔王展開了一場你死我活的戰斗。最后結果如何？
結局10：恐龍世紀
條件：打敗魔王之后，打敗帝蘭城恐龍王之前。
動畫：千年祭會場，現在變成了恐龍人的國度，主角恐龍人，照開始一樣起床，下樓和媽媽說話，然后去會場玩耍，并碰到了恐龍公主
結局11：預言家的所追求的是....
條件：摧毀帝蘭城之后，姐姐進入封印門之前。或者被逐出古代文明之后，在海底神殿之前。
動畫：青蛙去找魔王單挑，只看到魔王的雕像，然后其他的人回到1000AD娛樂，那可惡的喝酒比賽被艾瑪完爆，魔王去海底神殿。有魔王的經典語錄
如果歷史要改變，讓它改變吧！
如果世界要毀滅，讓他毀滅吧！
如果我注定要消失..
這也不錯！
結局12：反省會
條件：在姐姐進入封印門之后，項鏈充魔前
動畫：瑪爾與露卡兩位少女對游戲中登場的男性角色進行一番海闊天空的評論，非常有趣。最后登場的克羅諾甚至也第一次開口了。
結局13：在夢的結束時
條件：一次通關后，打完3個時空扭曲點回到時之終點打食夢者
動畫：姐姐說這世界沒人可以制服食夢者，就連她自己都會慢慢被吞噬掉，她告訴魔王不要再去嘗試救她，然后把魔王放逐到1020AD，魔王在灰心喪氣之時，為了獲得新生，封印了所有的記憶。唯一只記得自己心底有個東西要爭取。結束后可以得到主角最強武器夢幻
