獲取旗艦藍圖的核心途徑依賴于軍團系統。旗艦作為軍團專屬的戰略級艦船，其生產藍圖僅能通過軍團藍圖集冊解鎖，而解鎖條件與軍團占據的主權星系數量直接相關。這意味著玩家必須加入活躍軍團并參與主權爭奪戰，隨著軍團勢力擴張逐步解鎖更高級別的旗艦藍圖。旗艦藍圖不會被消耗，但生產過程中需要大量軍團礦物作為原材料，且必須通過軍團生產線完成模組拼裝。
旗艦的生產流程分為兩個階段，首先需消耗軍團礦物生產模組，隨后將模組組裝為完整旗艦。這一過程不受個人生產技能加成影響，完全依賴軍團整體實力。軍團默認擁有一條生產線，但可通過在主權星系建設基礎裝配中心增設更多生產線以提高效率。旗艦的最終性能取決于裝配的組件，這些組件同樣需由軍團生產線制造，需根據戰術需求選擇不同功能的組件進行搭配。
部署旗艦需要滿足特定基礎設施條件。軍團必須在主權星系內建設旗艦船塢，并由副團長以上職位的管理者執行部署操作。部署后的旗艦需經過一段準備時間才能投入使用，期間管理員可調整組件配置。旗艦的能源系統依賴能量塊維持運轉，能量塊由軍團生產線專門生產，需定期通過旗艦船塢補充。若能量塊耗盡，旗艦將喪失武器和裝置功能，僅保留基礎移動能力。
旗艦駕駛權限的分配體現軍團內部等級制度。僅有軍團核心成員可獲得登記資格，登記后形成駕駛員與旗艦的專屬綁定關系。這種設計既保障了旗艦的戰略價值，也強化了軍團成員間的協作需求。玩家若想駕駛旗艦，除技術層面的準備外，還需在軍團中建立足夠信任度并爭取管理層的任命。玩家需理解主權爭奪、資源調配、權限管理等多重系統的聯動關系。相較于常規艦船，旗艦的獲取周期更長且容錯率更低，要求軍團具備穩定的資源供應鏈和成熟的指揮體系。
