精靈的分布位置是玩家收集和培養隊伍的重要參考。三大經典神獸火焰鳥、閃電鳥和急凍鳥的位置最為明確，火焰鳥位于1號島的燈火山頂，閃電鳥藏在無人發電廠最深處，而急凍鳥需要前往雙子島，通過推石頭堵住瀑布才能見到。超夢則躲在華藍洞窟最底層，需要攜帶會沖浪和攀瀑技能的寶可夢才能到達。這些神獸的出現位置固定，但捕捉難度較高，建議提前做好準備。
除了神獸外，其他稀有精靈也有特定的棲息地。急凍鳥位于雙子島最深處，需要將巖石推進洞里擋住水流才能見到；閃電鳥在無人發電廠最里面；火焰鳥則藏在燈火山頂上。超夢住在華藍洞窟最深處，夢幻需要拿到特殊鑰匙才能在一座小房子里遇到。洛奇亞位于第八座彩虹島的右下方，等級約為70級，捕捉時需要至少三個以上的高級寶可夢。鳳凰在第八座彩虹島的左上方，同樣是70級，建議攜帶水系寶可夢進行克制。
雙子島是冰屬性寶可夢的聚集地，除了急凍鳥外，冰神柱也在此處出現。玩家需要在滑冰場上滑行，并在被迫停下后觀察對面的滑雪場，冰神柱有可能在那里等待挑戰。火焰山不僅是火屬性寶可夢的樂園，更是火焰鳥的棲息地，它固定刷新在山頂，火紅的羽毛和強大的火焰攻擊是其標志性特征。無人發電廠除了閃電鳥外，還有可能遇到鋼神柱，這位鋼屬性的神獸將為團隊帶來更多策略選擇。
幽靈塔是另一個重要的精靈分布地點，吉拉奇長期生活在塔的最頂端，需要通過層層關卡并躲過暗器才能見到。在獲得悔之石后，玩家才能在火之鳥石遇到火恐龍；獲得沙漠徽章后，才能在喬伊特河遇到水箭龜。紫苑鎮的寶可夢商店可以免費領取基礎款精靈球，補給站或等級獎勵也會贈送一些，但使用時需注意場景匹配。
捕捉神獸時，了解其屬性和弱點至關重要。選擇克制屬性的寶可夢進行對戰，能更有效地削弱體力并增加捕捉成功率。高級球、極限球等道具可提高捕捉概率，而睡眠粉、麻痹粉等狀態技能則能降低逃跑風險。巖神柱、紅水督、藍水督等神獸分布在游戲的不同區域，需要玩家耐心探索。整個關東地區的草叢中可能隨機遇到雷公，這種電屬性神獸的出現相對隨機，需要玩家反復嘗試。
