獲取初始御三家（妙蛙種子、小火龍、杰尼龜）的核心方法是利用野外捕捉機(jī)制。這三只寶可夢分布在不同地圖區(qū)域：妙蛙種子常出現(xiàn)在常磐森林或華藍(lán)市附近的草地，小火龍多見于華藍(lán)市左方草地或巖山洞穴，杰尼龜則需在枯葉市水域使用釣竿捕獲。由于野外遭遇率較低，建議提前準(zhǔn)備足夠的高級球或重復(fù)球以提高效率。部分劇情NPC也可能在特定條件下贈送御三家，但需完成隱藏任務(wù)或?qū)υ捰|發(fā)。
通過游戲內(nèi)交換系統(tǒng)是另一種穩(wěn)定獲取御三家的途徑。玩家需先培養(yǎng)一只高價值寶可夢（如凱西或腕力），在枯葉市的寶可夢俱樂部或彩虹市游戲中心尋找NPC進(jìn)行交換。交換獲得的寶可夢等級會重置為5級，但個體值和性格將重新生成。若追求特定屬性搭配，建議在交換前存檔反復(fù)嘗試。此方法無需依賴隨機(jī)遭遇，但需要前期積累足夠的交換資本。
游戲中期解鎖的島嶼系統(tǒng)為御三家獲取提供了新渠道。完成圣安奴號劇情后，可乘船前往1號島的燈火山或4號島的冰瀑洞窟。這些區(qū)域會周期性刷新御三家，且等級普遍在20-25級之間，適合中后期隊(duì)伍補(bǔ)充。需攜帶會沖浪和碎巖技能的寶可夢以應(yīng)對地形障礙，同時建議裝備噴霧劑避免低級野生寶可夢干擾。島嶼捕捉的優(yōu)勢在于寶可夢自帶初始技能，但需要消耗大量時間等待刷新。
利用游戲機(jī)制漏洞可實(shí)現(xiàn)單機(jī)獲取多只御三家。當(dāng)主角首次進(jìn)入月見山時，若背包留有至少兩個空位，擊敗化石研究員后能同時獲取兩塊化石。將化石復(fù)活為鐮刀盔和菊石獸后，可分別與彩虹大廈頂層的NPC交換到小火龍和杰尼龜。此方法需精確控制背包空間，且無法重復(fù)觸發(fā)。類似機(jī)制也存在于正輝的皮皮劇情中，通過特定操作能額外獲得妙蛙種子。
